早年生涯
崔益铉是朝鲜历史上的一名硕儒，也是近代一位杰出的爱国志士，世称勉庵先生。他本贯庆尚道庆州府，据说是新罗时期著名文学家崔致远的后代，朝鲜纯祖三十三年十二月五日（1834年1月14日）出生于京畿道抱川郡。14岁时拜当时的大儒金琦铉和李恒老（号华西）为师，并在他那里接受了理学的思想。崔益铉深受儒家思想熏陶，他在师从华西李恒老的过程中形成了忧国爱民的卫正斥邪思想、为国如家的忠义思想和尊王攘夷的春秋大义，以实现王道政治为己任，同时也受到华夷之辨的很大影响，不承认满清为中华正朔，而尊奉明朝为正统，这也导致他排斥一切外国，尤其是坚决抵制日本，这成为他后来屡次反日的思想根源。
朝鲜哲宗六年（1855年），崔益铉参加科举考试，并获明经科甲科及第，被任命为顺康园守奉官，转任新昌县监，随后历任成均馆典籍、司宪府持平、司谏院正言、吏曹正郎等职。崔益铉在官场一向以清廉正直、刚强不阿著称，仇视独裁和腐败现象，这被视为朝鲜王朝时期士林最大的美德。因此崔益铉名声大噪，再加上他学问广博，许多士子慕名求学，崔益铉逐渐成为了朝鲜儒林的领袖人物之一，他的门生也遍及朝鲜各地。但这也为他带来麻烦。1863年朝鲜高宗李熙即位后，其生父兴宣大院君摄政，成为当时朝鲜的独裁者。大院君大力强化专制主义，实行包括裁撤书院等一系列令儒林不满的措施，并倾尽全国之力重修象征王权的景福宫。由于景福宫工程所需款项奇缺，大院君命令全国百姓贡献财物，滥加引进清朝钱币，并巧立名目，收取愿纳钱、当百钱、通门税、水税等苛捐杂税，甚至大肆卖官鬻爵以填充景福宫工程的巨款。大院君的这些恶政都被担任言官的崔益铉看在眼里，并多次向朝廷上疏指责这些政策祸国殃民，是竭泽而渔、杀鸡取卵的权宜之计，自然得罪了当权的大院君。崔益铉因此于高宗五年（1868年）被罢官，但他更加得到人们的称赞和尊敬。
风口浪尖
高宗十年（1873年），兴宣大院君自称“大老”，势力如日中天。为了笼络儒林，大院君重新起用崔益铉为承政院同副承旨，负责草拟国王教旨。从这时起，崔益铉卷入了一场宫廷政变，第一次进入历史的风口浪尖。崔益铉上任不久就自发地上疏针砭时弊，批评大院君治下的朝鲜“挽近以来，政变旧章，人取软熟。大臣六卿无建白之议，台谏侍从避好事之谤。朝廷之上俗论恣行而正谊消，谄佞肆志而直士藏。赋敛不息，生民鱼肉，彝伦斁丧，0士气沮败。事公者谓之乖激，事私者谓之得计，无耻者沛然而得时，有守者苶然而滨死。以致天灾见于上，地变作于下，雨旸寒暑，俱失其常。”但未直接提及大院君退位。这个奏疏经过大院君的审核，竟然被递交到了高宗的手里。大院君之所以批准崔益铉的奏疏，一是上疏文中没有直接提及大院君，一是大院君认为高宗不会“忤逆”他。谁料高宗看了奏疏竟然嘉奖崔益铉，并给他擢升为户曹参判，令大院君十分不悦。高宗敢违背自己亲生父亲，正是因为他的妻子闵妃在身后撑腰，高宗的王妃闵妃（明成皇后）由于世子册立的问题与大院君产生矛盾，已经韬光养晦多年，此刻正欲使自己的娘家骊兴闵氏联合丰壤赵氏、安东金氏一起发动政变，打垮大院君，自己上台执政，便注意到了崔益铉的上疏给了她绝佳的机会。高宗和闵妃深夜密召崔益铉，授予其亲近臣子才有的命召牌（表示国王有要事托付），让他上疏弹劾大院君本人，让他下台，好让高宗亲政。崔益铉为高宗的信任所深深感动，同时也认为自己逼退大院君是在为国尽忠，便立刻写下弹劾大院君的奏疏，并于十一月三日（1873年12月22日）递交给高宗。同日，他就因为不当言事的罪名而被高宗下令流配到济州岛，围篱安置。但这只是高宗和闵妃为了避免崔益铉在首都汉城（今韩国首尔）遭到大院君的报复而采取的形式上的处罚，其真正目的的保护崔益铉免受迫害。
在这篇弹劾大院君的奏疏（《辞户曹参判兼陈所怀疏》）中，崔益铉这样痛斥大院君的失政：
“皇庙（指万东庙）之撤，君臣之伦斁矣；书院之罢，师生之义绝矣；鬼神出后，父子之亲紊矣；国贼伸雪，忠逆之分混矣；胡钱之用，华夷之别乱矣。惟此数三条件，打成一片，天理民彝固已荡然，而无复余存矣。加之以土木愿纳之类，相为表里，而为殃民祸国之资斧者几年于此矣，此非变先王之旧章、斁天下之彝伦而何哉？”
因此，他总结为“政变旧章，彝伦斁丧”8个字来抨击大院君的失政。特别是对撤废书院说：
“古之教者，家有塾，党有庠，州有序，国有学。今我朝之成均是古之国学也，乡校是古之州序也，书院是古之党庠也。且设院之本意，则讲学明道实为之主，而乡先生崇德报功，仍其余事也。不谋广置，惟嫌叠享，并与其已举者而加废之，存十一于千百，则深违学校之古制，大失创设之本情”。
崔益铉认为裁撤书院是废弃教育，埋没人才的愚民政策，影响国家的安危，他把这些错误归咎于大院君，称“任事之臣（即大院君）壅蔽聪明，操纵威福，纲目俱弛，而致有今日之痼弊也”。最关键的是，崔益铉还指出大院君和高宗属于君臣关系，大院君不应以生父名义凌驾于国王之上，因此理应恢复君臣之伦，不准大院君干预朝政。这篇奏疏虽不乏崔益铉囿于儒家君臣理论和华夷观的腐陋之见，但也处处体现他忧国忧民、不畏权贵的精神。结果高宗顺理成章的接受崔益铉的上疏，宣布自己和大院君是君臣关系，宣布“亲政”，并命令大院君离开京城，不许参与政事。大院君见此上疏，老羞成怒，指使手下官员领议政洪淳穆等人伏阙上疏，请旨杀崔益铉。但高宗在闵妃的支持下不为所动，这些亲附大院君的官员又集体辞职，企图架空政府，这正中闵妃下怀，闵妃迅速把自己的亲信安插在朝廷各部，并不准大院君进宫。大院君无计可施，只好离开京城。崔益铉的上疏竟成了使大院君十年势道一夕之间垮台的关键棋子。崔益铉也在1年多以后被赦免，并召回汉城任户曹参判。
流放海岛
高宗十年（1873年）大院君倒台后，高宗亲政，实际上是闵妃外戚集团掌握政权。闵妃集团对外政策明显比大院君时期厉行的锁国政策宽松许多。从1873年开始，以三年间的流配生活为契机，崔益铉清算了自己的官职生活，选择了忧国爱民的卫正斥邪之路。高宗十二年（1875年）日本欲打开朝鲜国门，派军舰骚扰江华岛和釜山沿海，史称“云扬号事件”。第二年1月日本以云扬号事件为借口派使臣带领7艘军舰前往江华岛，逼迫朝鲜打开国门。闵妃集团面对国内主战的呼声，最终还是向日本妥协，派申櫶、尹滋承与日本人谈判。
崔益铉本来就深受儒学尊王攘夷、夷夏大防的影响，此事自然遭到崔益铉的强烈抵制。高宗十三年（1876年）正月二十二日，崔益铉联合司谏张皓根率领数百儒生在王宫昌德宫门前持斧上疏，坚决反对同日本谈判乃至缔约。崔益铉在《丙子持斧伏阙疏》中深刻洞悉了这个所谓“修好条规”的不平等性质以及日本侵略朝鲜的野心，认为：
“臣闻贼船之报，意谓廊庙当有定论，侧听屡日尚无所闻。外间喧传意在求和，万口同愤，四境汹汹。如其讹也，则公私幸甚；如其实也，则为贼人地也，非为国家也。此说施行，殿下之势去矣。……和出于彼之乞怜，强在我而我足以制彼，其和可恃也；今和出于彼之乞怜耶？我之示弱耶？畏怯而求和，则为目前姑息，向后溪壑之欲何以充？此所以乱亡者一也。彼之物货，皆淫奢奇玩；而我之物货，民命所寄而有限者也，不数年东土数千里，无复支存，国必随亡，此乱亡者二也。彼虽托倭，其实洋贼；和事一成，邪学传授，遍满一国，此乱亡者三也。……持斧伏阙，伏愿亟正大策……如其不然，臣目见域中人没于禽兽，不愿腼面苟活为伍，乞以此斧加臣显戮，使得归陪二圣于地下，亦朝廷之大恩也。”
并预见了这些条款将对朝鲜社会产生的冲击，指出“彼之物货，皆淫奢奇玩；而我之物货，民命所寄而有限者”，将会带来后果不堪设想的掠夺性贸易，崔益铉还提出“倭洋一体”，与日本媾和将会输出“洋贼”之“邪学”（即天主教等洋教），动摇朝鲜的民族精神，使国家走上亡国之途，表示如果朝廷不接受他的主张就立即以斧劈头而死。但闵妃集团本来就倾向开放，加上畏惧日本的武力威胁，一面同意日本的条款，与其缔结《江华条约》；一面立刻将崔益铉逮捕，武力驱散在宫门前示威的儒生，并下令将崔益铉发配到全罗道西海岸的黑山岛。崔益铉由于他的正直敢言，再次触犯权贵，遭到流放恶岛的厄运。
崔益铉被发配到黑山岛以后，在那里兴办学塾，成立了一心堂和黑山书社，并与当地的一些文人学士研究学问，吟诗作赋。崔益铉在黑山岛的诗文大都表现了他忧国忧民、孤愤失意的情怀。现今大黑山岛上的浅村还保存着“勉庵崔先生谪庐遗墟”。另外，崔益铉还特别钟情于黑山岛上的一块岩石，用朱熹的“为我重指掌”一句将其命名为“指掌岩”。他还在指掌岩上题写了“箕封江山，洪武日月”八个大字，充分表达了崔益铉对祖国大好河山的热爱。高宗十六年（1879年），崔益铉获得赦免，离开了黑山岛，回到了故乡抱川郡。
反日活动
崔益铉被放逐归乡以后十多年间，他致力于招收门徒，兴办教育、钻研学问，对政治绝少干预。但他实际上成为19世纪末朝鲜卫正斥邪运动的精神领袖。这段时间，朝鲜的局势发生了翻天覆地的变化，“隐士之国”——朝鲜终于全面打开门户，朝鲜原来的宗主国清朝与后来居上、包藏祸心的日本在朝鲜半岛的争夺日趋白热化。日本在面对清朝的固有优势而处于下风的情况下，一方面秣马厉兵、静待时机，一方面通过经济侵略对朝鲜不断蚕食，大肆掠夺朝鲜的农产品，使朝鲜人民生活更加困苦。《江华条约》缔结前崔益铉在上疏中的内容竟然一一得到应验。终于，高宗三十一年（1894年）朝鲜爆发的东学党起义给日本以绝佳时机，日本利用清朝出兵朝鲜的机会，调兵遣将入侵朝鲜，扶植亲日傀儡政府，并发动了中日甲午战争，接着驱逐了中国在朝鲜的势力，开始了对朝鲜的吞并进程。
这段时间崔益铉虽然没有参与政治，但日本蹂躏朝鲜的一切行径都了如指掌。高宗三十一年（1894年）六月亲日政权成立后，断行所谓“甲午更张”，模仿日本、并在日本的“指导”下进行内政改革。“甲午更张”虽然带有资产阶级改革的性质，短期和表面上有利于朝鲜社会的进步，但实际上却是日本推动朝鲜同化于且合并入日本的过渡工具。崔益铉深知这个“更张”表面文章背后的日本阴谋，于是向朝廷上了一道《请讨逆复衣制疏》，请求废除“甲午更张”的一切措施，处断朴泳孝、徐光范等开化党“逆贼”，并问罪于侵略朝鲜的日本。然而日本对朝鲜的侵略变本加厉，甚至在开国五百三年（1895年）八月发动乙未事变，残忍杀害了朝鲜的国母——闵妃。接着又指使亲日的金弘集内阁下达“断发令”，要求朝鲜男子一律剪断长发，改留西式平头。断发令是对朝鲜信仰的儒家学说的彻底否定，也是日本对朝鲜同化阴谋的露骨表现，因此崔益铉毅然站出来，对“断发令”进行强烈抨击和顽强抵抗，最后被内部大臣俞吉浚下令将其逮捕至汉城，投入监狱。崔益铉被投狱后始终拒绝断发，表现出坚强的民族气节和志士精神。最终，建阳元年（1896年）2月10日，随着“俄馆播迁”事件的发生，亲日内阁倒台，“断发令”被废，崔益铉也得到释放。
由于乙未事变和“断发令”造成了朝鲜全国的骚乱，第一次反日义兵运动（乙未义兵）风起云涌，因此刚刚通过“俄馆播迁”而从亲日派手中获得权力的高宗不得不采取怀柔政策，来使全国性的义兵运动平息下去。崔益铉是朝鲜儒学界的领袖，威望极高，又在20多年前受高宗知遇之恩，所以高宗于建阳元年（1896年）2月任命崔益铉为“各府郡宣谕大员”，到全国各地招安义兵。这些义兵都是因“为国母报仇”和发对“断发令”而于乙未年冬起义的，其中柳麟锡等义兵领导人和崔益铉有密切关系。崔益铉对义兵运动抱同情和支持的态度，后来他自己也成了义兵首领。20多年未涉仕途的崔益铉再次做官，光武二年（1898年）以后先后被任命为宫内府特进官、议政府赞政、中枢院议官、京畿道观察使等高级官职，但由于崔益铉坚持儒学，看不惯当时社会上的开化风气，更由于不满官场的腐败和倾轧，这些职务不久都被他在1896年上《宣谕大员命下后陈怀待罪疏》、1898年上《辞议政府赞政疏》及再疏、《辞宫内府特进官疏》及再疏、1904年上《辞宫内府特进官疏》的三，四疏主动辞退。正是由于与当时社会方枘圆凿，崔益铉再度归乡，住在忠清道定山，并游历各地，从事教育事业。但这并不代表他不问国事，崔益铉还曾向高宗上《漱玉轩奏箚》、《阙外待命疏》及再，三疏、《时务十五条》等，提出“修武备”、“明大义”等建议，都体现出崔益铉忧国忧民的忠正之心。
起兵抗争
光武八年（1904年）2月，日俄战争爆发，日本又一次入侵韩国，并在日俄战争爆发不久后逼迫大韩帝国政府签订《日韩议定书》，把韩国拉进日本阵营；又在同年8月强迫签订第一次日韩协约，开始了对韩国内政外交的控制。面对国难当头，已经隐居数年的崔益铉再次奋起反抗。崔益铉于光武八年（1904年）收到高宗皇帝的密谕，并在次年1月进入汉城与高宗面谈。崔益铉指出自从乙未事变以后复仇心渐渐缺失，导致亲日分子猖獗，坚决主张反抗日本，并提出了人才择用和聚敛禁止等5条时务策。正由于如此，崔益铉遭到日本人的迫害，日本驻韩司令官长谷川好道命令日本宪兵将崔益铉逮捕，将他强制押往故乡抱川监禁。后来他被释放后，又一次上疏痛斥日本和卖国贼的罪行。结果再遭逮捕，押至定山，后又释放。光武九年（1905年）11月17日，日本强迫韩国政府签订《日韩保护协约》（即《乙巳保护条约》），将韩国变为事实上的殖民地。崔益铉悲愤欲绝，立刻上了一道《请讨五贼疏》及再疏，要求高宗皇帝向国内外宣布乙巳条约无效，并处断李完用、朴齐纯等对日缔约的“乙巳五贼”。由于乙巳条约的签订，韩国又一次爆发了反日义兵运动，崔益铉对此感到异常兴奋，十分关心和支持各地义兵的反日斗争。此时73岁高龄的老儒崔益铉，毅然决定亲自起兵反抗日本。
光武十年（1906年）6月4日，崔益铉与林秉瓒、林乐、崔济学、高石镇等80多名文人在全罗北道泰仁的武城书院举义，他们还发布起义檄文《倡义讨贼疏》，声讨日本罪行，号召人民起来斗争：
“我有邻国，而不能自交，使他人代交，则是无国也；我有土地人民，而不能自监，使他人代监，则是无君也。无国无君，则凡我三千里人民皆奴隶耳，臣妾耳。夫为人奴隶，为人臣妾，则生已不如死……噫！彼日本之贼，实我百世之仇敌，……鱼肉我众庶，掘毁我冢宅，占夺我田地，凡系我民命之资，孰非彼掌握之物？……去年十月之所为，实是万古之未有。一夜间，勒纸片印，五百年宗社遂亡。……凡我宗室、大臣、公卿、文武、士农、工贾、吏胥，修我戈矛，一乃心力，殄灭逆党，食其肉而寝其皮；歼剿仇夷，绝其种而捣其穴，无往不复。措国势于泰磐，转危为安；拯人类于涂炭，所恃师直。”他们还发表了号召动员的告示《布告八道士民》和分为16条的名为《寄日本政府》的义举疏略，提出要进兵北上汉城与日本统监伊藤博文谈判。之后崔益铉在淳昌结集450人的义兵队伍，自任义兵大将。崔益铉带领的起义队伍作战英勇，多次打败日军，直逼全罗道首府全州城，义兵队伍也发展到近千人。被日本控制的韩国政府先派人招降，许以高官厚禄，但崔益铉不为所动，严词拒绝；接着韩国政府派遣大军前往全州，准备镇压崔益铉的义兵。崔益铉在交战的过程中得知这是政府军（镇卫队），认为不应同胞相残，便致书镇卫队统帅韩镇昌，对其晓之以理动之以情，请其退兵以避免自我残杀。谁料韩镇昌不但不退兵，反而利用崔益铉的天真和麻痹袭击包围义兵，结果崔益铉的义兵队伍猝不及防，阵脚大乱，义兵将领郑时海阵亡，崔益铉和林秉瓒等人当场被俘，押往汉城。崔益铉的义兵队伍就这样昙花一现，很快就被镇压了。
崔益铉在被俘后，再一次表现他的民族气节。他在被押送汉城的途中，一直吟诵着屈原的《离骚》和诸葛亮的《出师表》，以抒发他的愤懑失意和壮志未酬。由于崔益铉名望很高，所以统监府没有将他判处死刑。8月，崔益铉等人被判流放对马岛，并监禁在严原卫戍营里。崔益铉见自己身陷囹圄，加之年事已高，因此对亡国在即而自己却报国无门感到十分痛苦。他对一起被流放的林秉瓒说：“八十非从戎之年，然吾所以如此者，图所以取大义于天下。”这句话既充分体现了他的爱国之心，又表现了他对独立自由的渴求。在被囚禁在异国他乡的痛苦和煎熬中，崔益铉选择了以死明志。光武十年（1906年）12月30日，崔益铉绝食而死，并留下绝命诗一首：
起瞻北斗拜琼楼，白首蛮衫愤涕流。
万死不贪秦富贵，一生长读鲁春秋。