宋帝之子
据权衡《庚申外史》记载，宋恭帝赵显降元后受封瀛国公，后又奉忽必烈命令赴吐蕃为僧。当赵显驻锡甘州的一个寺庙时，赵王前来游玩，怜惜赵显年老又孤独，赠了一名回回女子（即迈来迪），延祐七年（1320年）四月生了一个儿子，正巧当时还是周王的和世瓎途经此地，见寺上有龙纹五彩气，便将该母子收为己有，这就是元顺帝的出身。后来明代的袁彻又记载明成祖朱棣曾览历代皇帝画像，发现元顺帝长得像极像宋朝皇帝，验证了元顺帝是宋帝之子的说法。 这一故事在明代广为流传，被认为是宋朝德泽绵延、天道报复元灭宋室，才让宋恭帝生了元朝的亡国之君。出现这种传闻的原因，大概与元文宗曾昭告天下、称妥懽帖睦尔非元明宗之子有关，现代学者多认为这一说法仅系野史记载，荒诞不经。
迷恋密宗
至正中叶以后，顺帝逐渐怠政，并宠信佞臣哈麻。宣政院使哈麻及其妹夫秃鲁帖木儿引进藏传佛教密宗于顺帝，他们推荐了印度和尚及吐蕃喇嘛僧伽璘真等人，又引入了老的沙（顺帝母舅）、八郎（顺帝之弟）等10人，称为“十倚纳”，教顺帝“演揲儿法”。所谓演揲儿即汉语“大喜乐”之意，“大喜乐”又名双修法，即男女双修气功。这些人倚高丽姬妾为耳目，专门刺探贵族家的命妇，或民间良家妇女，带到宫中，供顺帝修炼“大喜乐”时享用。顺帝等人在一间名为“些郎兀该”（汉语“事事无碍”，据记载该“秘密法堂”就建在宣文阁旁）的室内“男女裸居，或君臣共被”，在上都更是建穆清阁，数百间房屋里充斥着女人，都用来修“大喜乐”的。皇太子爱猷识理达腊原本对此深恶痛绝，但在顺帝的影响下也沉湎此道了。史载：“君臣宣淫，而群僧出入禁中，无所禁止，丑声秽行，著闻于外，虽市井之人亦恶闻”。时任宣政院判官的张昱作诗讥讽道：“似将慧日破愚昏，白日如常下钓轩。男女倾城求受戒，法中秘密不能言”。
顺帝与“十倚纳”在修炼“大喜乐”时，帽带金玉佛，手执数珠，让宫女十六人首垂发数辫，戴象牙冠，身披缨络大红绡金长短裙袄，云裙合袖，天衣绶带鞋袜，唱“金字经”，舞“燕儿舞”，称之为“十六天魔舞”。又有美女百人，亦皆缨络，各执乐器，其中一人执铃奏乐，又宫女十一人练捶髻勒帕常服，或用唐巾窄衫，所奏乐器用龙笛、头管、小管、筝、琵琶、笙、胡琴、响板、拍板，让宦官长安不花作为领班。每遇宫中赞佛，则按舞奏乐。奇皇后曾劝顺帝远离十六天魔，顺帝生气地说：“古今只我一人耶？”竟然两个月不理奇皇后。顺帝所酷爱的十六天魔舞甚至传入宫外，张士诚之弟张士信也是“天魔舞”的爱好者。
鲁班天子
元顺帝在建筑工艺、机械工程等方面是一个天才，建造宫殿时，顺帝自画屋样，又亲自削木构宫，让工匠按他的图纸来搭建。建龙船时，也是亲自出马，绘制其样本，船首尾长一百二十尺，广二十尺，前瓦帘棚、穿廊、两暖阁 ，后吾殿楼子，龙身与殿宇用五彩金妆，前有两爪。上用水手二十四人，身衣紫衫、金荔枝带、四带头巾，于船两旁下各执篙一。龙船建好后，顺帝坐着船自后宫至前宫山下海子内往来游戏，船行驶时，其龙首眼口爪尾皆动。又自制宫漏，高约六七尺，宽大约是其一半，造木为匮，藏在诸壶其中，运水上下。匮上设西方三圣殿，匮腰立玉女捧时刻筹，时间到了以后，就浮水而上。左右列二金甲神人，一悬钟，一悬钲，到了夜晚则神人自动按更而击，无分毫差。当钟钲鸣叫时，在侧的狮凤皆翔舞。 匮之西东有日月宫，飞仙六人立宫前，遇子午时，飞仙自能耦进，度仙桥达三圣殿，随后又退立如前，“其精巧绝出，人谓前代所鲜有”。顺帝还自制五云车，也是精巧绝伦。因此，大都人都管顺帝叫“鲁班天子”。
明军攻入大都时，曾缴获元顺帝自制的宫漏，作为战利品献给明太祖朱元璋。朱元璋看了后说：“废万几之务，而用心于此，所谓作无益、害有益也。使移此心以治天下，岂至亡灭？”命左右将其捣毁。
好观天象
元顺帝“善观天象”，并笃信“天命”。据说顺帝对脱脱从信任到怀疑的原因是司天监观测到“连夕相星犯帝座”。至正十八年（1358年）十二月，红巾军攻破上都，大臣劝顺帝避难，顺帝知天象无伤，镇定地说：“毋多言，有福者任其自来，朕何避之有？”至正二十年（1360年）十二月，阳翟王阿鲁辉帖木儿谋反的消息传来时，顺帝神情自若，说：“天命有在，汝欲为则为之。”至正二十二年（1362年），有白气如索，长五百余尺，起危宿，扫太微垣，司天监太史奏山东将有大水，顺帝却说：“不然，山东必失一良将。”于是派人急往山东的察罕帖木儿处警告他勿轻举，不料使者还没到，察罕帖木儿就遇刺身亡了。至正二十八年（1368年）明军北伐逼近大都时，左右又劝顺帝固守大都，等待援兵，但顺帝夜观天象之后，坚定了出逃的决心，任谁劝说都无效。他逃到上都以后，有几只狐狸窜入御座下，御史大夫阿剌不沙对顺帝极言亡国之兆，顺帝也说：“天意如此，朕将奈何？”可见顺帝是非常相信“天命”的人。
少年时代
延祐七年（1320年）四月十七日，妥懽帖睦尔出生于西北察合台汗国所属的金山（阿尔泰山）一带。他是元朝周王和世瓎（后来的元明宗）的长子，元世祖忽必烈的五世孙，其世系依次是真金（元裕宗）、答剌麻八剌（元顺宗）、海山（元武宗）、和世瓎（元明宗），而妥懽帖睦尔的出生与成长也是伴随着皇位之争的腥风血雨。至大四年（1311年），元武宗海山（妥懽帖睦尔的祖父）驾崩，他的弟弟爱育黎拔力八达以皇太子身份继位，是为元仁宗。按元武宗与元仁宗的约定，继承仁宗皇位的是武宗长子和世瓎，但仁宗即位后却反悔了，试图立自己的儿子硕德八剌（后来的元英宗）为皇太子，而把和世瓎封为周王，命其出镇云南。延祐三年（1316年）十一月，和世瓎行至延安时，与武宗旧臣图谋恢复皇储地位，结果招来仁宗的追杀，和世瓎被迫奔往西北的金山（阿尔泰山），得到察合台汗国的庇护。在和世瓎避难金山期间，纳了一名回回女子、郡王阿儿厮兰的后裔罕禄鲁迈来迪，并与她生了妥懽帖睦尔。迈来迪生下妥懽帖睦尔后便去世了，后来被追尊为贞裕徽圣皇后。
妥懽帖睦尔出生那年正值元仁宗驾崩之年。此后至天历元年（1328年），元朝皇位更迭频繁、内乱不断，先后经历了元英宗、泰定帝、天顺帝三位皇帝，皇位又落入了武宗一系的手里，这就是在两都之战中取胜的和世瓎之弟图帖睦尔（元文宗，即妥懽帖睦尔的叔叔）。图帖睦尔宣称将皇位禅让于自己的哥哥和世瓎，和世瓎在天历二年（1329年）即位于漠北，是为元明宗，没来得及去大都便被图帖睦尔一伙毒死于王忽察都。图帖睦尔再次登基，是为元文宗，元明宗留下的孤儿寡母的地位岌岌可危。天历三年（1330年）四月，明宗皇后八不沙（妥懽帖睦尔的嫡母）被文宗皇后卜答失里杀害。至顺元年（1330年）七月，元文宗将妥懽帖睦尔流放到高丽大青岛加以监禁，不许与外界接触。第二年，有人向文宗密告辽阳与高丽要奉妥懽帖睦尔造反，文宗乃昭告天下，声称妥懽帖睦尔不是元明宗的亲生儿子，并在至顺二年（1331年）十二月派遣枢密院使尹受困、中丞厥干等从高丽接回了妥懽帖睦尔，转而流放他到广西静江（今桂林）。
妥懽帖睦尔在静江居住了一年左右，在这期间他寓居于大圆寺中，受该寺的秋江长老教导，学习了《论语》《孝经》，并每日练习写字两张。后来妥懽帖睦尔被召回大都时，还将他学习所用的书册文具藏入小皮匣中，随时翻看。妥懽帖睦尔性格亦活泼好动，常常掘地为穴，撒尿其中，然后活成泥，做成各种玩具。又喜欢养“八角禽”，有时鸟飞到池塘中的枯树枝上，妥懽帖睦尔竟顾不得脱靴，下水捕捉，秋江长老多次加以制止。他还经常做孩子王，带领二三十个小孩做纸旗杆，插在城上。秋江长老还注意培养妥懽帖睦尔的言行举止，教导他：“太子乃国家金枝玉叶，不比凡民，见大官人来，切不可妄发言，亦不可不自重。”于是每当有官吏来寺里巡查时，妥懽帖睦尔就正襟危坐，官吏一旦离开，就嬉戏如初，所以是“一时勉强，素非涵养有之”。妥懽帖睦尔即位后，为报答秋江长老的恩德，不仅大加赏赐，还将大圆寺改为万寿殿（现址为靖江王府）。
登基为帝
元文宗驱逐妥懽帖睦尔以后，便于至顺元年（1330年）十二月立自己的儿子阿剌忒纳答剌为皇太子，可是一个月后太子就死了。这对信仰藏传佛教、相信因果报应的的元文宗夫妇来说无疑是一个沉重的打击，尽管他们还有儿子燕帖古思，但文宗在至顺三年（1332年）八月驾崩时遗言：“当年在晃忽叉（王忽察都）弑杀明宗皇帝是我铸成的大错，后悔莫及。如今我有一子燕帖古思，虽然我爱他，但现在理应将皇位传给明宗的长子妥懽帖睦尔。这样我去世后也对明宗有个交代了。”
当时，把持朝政的权臣太平王燕帖木儿没有立年长的妥懽帖睦尔，而是立了就在大都的明宗幼子懿璘质班（妥懽帖睦尔异母弟）继位，是为元宁宗。不料当年十一月，元宁宗就驾崩了。燕帖木儿欲立燕帖古思继位，但元文宗皇后卜答失里坚持立妥懽帖睦尔。于是派遣中书左丞阔里吉思前去静江接妥懽帖睦尔回京。到了良乡，燕帖木儿率人持卤簿来迎接他。燕帖木儿与妥懽帖睦尔并马徐行，说明了拥立他为皇帝的意思。妥懽帖睦尔还是个十三岁的孩子，一时吓得不敢回答，所以燕帖木儿怀疑他，到大都后也没有立他为帝，再加上司天监的太史也说妥懽帖睦尔不可立，立则天下乱，所以元朝皇位空缺了半年之久。
元代藏文史料对此有更详细的记载，当时的占卜者说： “如果和世瓎的长子妥懽帖睦尔在鸡年等待六个月然后再登上皇位，那么皇运将和薛禅汗（元世祖）一样久长。”对此说法，众位大臣们说： “这样将皇位空置，国家的责任由谁来担负？”这时燕帖木儿说：“你们对天神的预示再好好测算，如果真是如此，能使皇帝圣寿久长那就再好不过，皇位空悬时期国家重任由我来承担。”
在这半年间，卜答失里临朝称制，燕帖木儿的弄权也登峰造极。至顺四年（1333年）五月，燕帖木儿因纵欲过度而亡，卜答失里在内定自己的儿子燕帖古思为妥懽帖睦尔继承人以后，决定正式奉妥懽帖睦尔为帝。
至顺四年（1333年）六月初八日，妥懽帖睦尔即位于上都，是为元顺帝（惠宗）。顺帝即位后改年号为“元统”，并封燕帖木儿之女伯牙吾氏（答纳失里）为皇后、卜答失里为太皇太后、燕帖古思为皇太子。
扳倒权相
妥懽帖睦尔登基后，是一个“深居宫中，每事无所专焉”的傀儡皇帝，继燕帖木儿而兴的权臣伯颜以右丞相的身份专擅朝政，但是燕帖木儿家族的势力仍然很大，其弟撒敦为左丞相、儿子唐其势为御史大夫，女儿答纳失里还拥有皇后之尊。到元统三年（1335年）时，撒敦死去，唐其势升为左丞相，欲与伯颜争权，遂与撒敦弟答里密谋发动政变，杀伯颜，废顺帝，另立元文宗的义子塔剌海（燕帖木儿之子，唐其势之弟）。同年六月，伯颜粉碎唐其势的政变，消灭燕帖木儿余党，同时将答纳失里皇后逐出宫中，并将她杀害。同年十一月，顺帝以“祖述世祖”为名改年号为“至元”。
当时，伯颜被封为秦王，一手遮天，“势焰薰灼，天下之人惟知有伯颜而已”。他大肆排斥异己，甚至杀了自己的老主人郯王彻彻秃一家，并贬谪宣让王帖木儿不花和威顺王宽彻普化。他聚敛财富，穷奢极欲，甚至出入太皇太后卜答失里宫中，与其私通，以致大都传诵“上把君欺，下把民虐，太皇太后倚恃着”的讽刺伯颜的歌谣。伯颜最被人诟病的是排汉的民族压迫政策，在他的主导下，蒙古、色目殴打汉人、南人不得还手，禁止汉人、南人学习蒙古、色目文字，重申汉人、南人不得执兵器之戒，严格控制汉人做官的限界，汉人、南人遭到前所未有的排斥，在伯颜当权下的中书省只有王懋德、许有壬、傅岩三人做过左丞和参知政事。地方上甚至还没收汉人铁制农具及禁止汉人文化活动。至元元年（1335年）十一月，伯颜取消了科举考试，也是一大倒退。在面临汉人反抗时，伯颜甚至提出了杀绝张、王、刘、李、赵五姓汉人的主张，所幸顺帝没有听从。
伯颜的倒行逆施使社会矛盾原本就十分尖锐的元朝更加动荡不安，广西、山东、四川、江西、福建、河北、河南等地爆发了农民起义或少数民族起义，元末农民起义的著名领袖彭莹玉就是在至元四年（1338年）发动袁州起义，失败后广泛传播白莲教，埋下了十多年后全国性动乱的火种。而至元五年（1339年）在河南更发生一起“假传圣旨”的闹剧，河南吏员范孟自称有圣旨，杀了河南行省平章政事月鲁帖木儿以下一干官僚，不久后范孟被杀。此事可以看出当时元朝纲纪松弛到了何等程度。
伯颜专权所导致的乱象都被元顺帝看在眼里，他与伯颜的侄儿脱脱早已图谋除掉伯颜。而伯颜也蠢蠢欲动，与卜答失里合谋以燕帖古思取代顺帝。至元六年（1340年）二月，顺帝与脱脱利用伯颜出猎之机，发动政变，罢黜伯颜，先贬为河南行省左丞相，再流放南恩州阳春县（今属广东），至此伯颜时代落下帷幕，顺帝得以亲政在政变中，顺帝坐镇玉德殿，主符檄，发号令，其间杨瑀等文臣在御榻前起草贬斥伯颜的诏书时，有“以其各领所部，诏书到日，悉还本卫”的语句，顺帝指示说：“自早至暮，皆一日也，可改作时。”充分显示出他的果断与精明。同年六月，顺帝为报杀父之仇，下诏毁太庙文宗室，废太皇太后卜答失里并将她赐死，流放燕帖古思，还缴销了当年元文宗宣称他不是元明宗儿子的诏敕。元顺帝完成复仇之举后，“被服衮冕，祼于太室”，祭告父亲元明宗，并追上谥号。次年正月，顺帝改元“至正”，任命脱脱为右丞相，宣布将“与天下更始”，准备大展宏图、中兴元朝。
锐意图治
进入至正时代，元顺帝“图治之意甚切”，脱脱为挽回元朝统治危机，亦实施了一系列改革，史称“脱脱更化”。脱脱恢复了科举制度，颁行《农桑辑要》，整饬吏治，征召隐逸，蠲免赋税，开放马禁，削减盐额，编修辽、宋、金三史，实行儒治，包括开经筵与太庙四时祭、亲郊祭天、行亲耕礼等活动。在顺帝的励精图治与脱脱的勤勉能干之下，至正初年的元朝一度呈现回光返照的局面，在伯颜时代受压抑的汉族儒生也为之振奋，当时的欧阳玄写道：“至正宾兴郡国贤，威仪重见甲寅前。杏园花发当三月，桂苑香销又七年。豹隐山中文泽雾，鹏搏海上翼垂天。明时礼乐须奇俊，莫道儒生自圣颠。”
就在“更化”如火如荼的至正四年（1344年），脱脱以多病而欲隐退，再加上萨满说流年不利，所以连续十七次上表请辞，顺帝终于同意。此后5年间，顺帝又任用阿鲁图、别儿怯不花、朵儿只、贺惟一（太平）等人为相，他们虽然不是奸臣，但能力都不如脱脱。在此期间，顺帝继续推行了以廉政建设为中心的一些改革措施，如颁行《至正条格》、定荐举守令法、派遣24名官员巡视宣抚全国各地等。顺帝亦未丧失图治之心，他十分重视地方守令的任用，必须亲自过目，考察其贤愚，并谆谆告诫那些陛辞的地方官说：“汝守令之职，如牧羊然。饥也，与之草；渴也，与之水。饥渴劳逸，无失其时，则羊蕃息矣。汝为我牧此民，无使之失所，而有饥渴之患，则为良牧守矣。”在至正五年（1345年）十月遣官奉使宣抚时，又命其“布朕德意，询民疾苦，疏涤冤滞，蠲除烦苛。体察官吏贤否，明加黜陟，有罪者，四品以上停职申请，五品以下就便处决。民间一切兴利除害之事，悉听举行。”可是当时奉使宣抚的官员除了苏天爵、王守诚等少数人较有政绩以外，其余反而加剧了官场的腐败与民间的疾苦，特别是江西、福建一带，更流传着“九重丹语颁恩至，万两黄金奉使回”、“奉使来时，惊天动地；奉使去时，乌天黑地。官吏都欢天喜地，百姓却啼天哭天”、“官吏黑漆皮灯笼，奉使来时添一重”等民谣。可见元朝的腐败已是无可救药了。
对元顺帝打击最大的要数当时罕见的天灾。自至正四年（1344年）以后，中国进入了灾害多发期，尤以腹里和河南行省最为严重。那时候，黄河决口、饥荒频仍、瘟疫爆发，人民流离失所，大量死亡，就连大都也受到影响，当时客居大都的高丽人李谷写道：“饥民云集京师，都城内外，呼号丐乞，僵仆不起者相枕藉”。顺帝命官府加以赈济，并颁诏罪己，至正九年（1349年）又重新起用脱脱为中书右丞相，希冀挽回元朝的颓势。
天下大乱
此时由天灾引发的后遗症正困扰着元廷，首先是由河患引发的严重的财政危机，漕运、盐税锐减，中央政府财政收入下跌，国库渐虚；其次是河患导致社会动荡不安，小规模农民起义频繁发生，特别是至正八年（1348年）方国珍兄弟啸聚海上，对元廷赖以生存的海道漕运构成威胁，元廷无法镇压，只得加以招抚；同时，吏治不仅没有根本性的扭转，反而在灾荒时期变本加厉，史载“及元之将乱，上下诸司，其滥愈甚”。总之，元朝老百姓生活在水深火热之中，大乱一触即发。脱脱第二次拜相后，试图力挽狂澜，但他采取变钞和起用贾鲁治河两大政策，却为元朝掘好了坟墓。时人讥讽说：“丞相造假钞，舍人做强盗。贾鲁要开河，搅得天下闹”。终于，在至正十一年（1351年），由刘福通等红巾军引爆元末农民起义，顺帝派枢密院同知赫厮、秃赤率6000蒙古精锐阿速军及各路汉军前往镇压，但对阵时见红巾军声势浩大，急呼“阿卜！阿卜！”（跑），根本无力镇压。史载“至正十一年寇起淮南，凡浙西、江东南、湖南北，以闽、蜀之地，凡城所不完者皆陷”，元朝在许多地方的统治机构瘫痪，陷入土崩瓦解的绝境。
顺帝也不再有至正之初的那种勤政朝气，开始宠幸佞臣康里人哈麻，但仍然过问政事。顺帝问责脱脱：“汝尝言天下太平无事，今红军半宇内，丞相以何策待之？”脱脱汗流浃背。脱脱面临元末农民起义的乱局，一方面加紧防汉措施，军机一概不让汉人与闻；一方面依赖地主富豪的捐献及其组织的“义兵”来对抗红巾军，造成了元末军阀混战的恶果，同时，脱脱在至正十二年（1352年）八月亲自南下督师，镇压徐州的芝麻李红巾军，九月破徐州，屠其城。到至正十三年（1353年）底，红巾军一度转入低潮。以顺帝为首的元朝统治者忘乎所以，为脱脱建生祠于徐州（当时已改名武定州），立平寇碑，又封赏各有功将领。此时元廷开始商议立高丽贡女奇皇后所生的爱猷识理达腊为皇太子，脱脱对此有微词，哈麻趁机挑拨离间，为元宫廷的内乱埋下伏笔。
至正十四年（1354年）正月，张士诚崛起，在高邮建立大周政权，同年九月，顺帝再命脱脱出师，不仅包括蒙古、汉军，还囊括了西域、吐蕃、高丽等地的军队，号称百万之众。张士诚无力支架，只能死守孤城高邮。哈麻利用脱脱不在朝，又进谗言诬陷脱脱及其弟也先帖木儿，顺帝听信了哈麻等人的话，下令削脱脱兵权，安置淮安路。脱脱深受忠君思想影响，接诏后便交出兵权，而他所统率的“大军百万，一时四散”，红巾军势力大振，元朝官军再也无力组织起来镇压起义了，只能依靠地主武装。脱脱全家被流放，他本人先后被安置于淮安路、亦集乃路、云南镇西路，至正十五年（1355年）十二月在流放云南的途中被哈麻矫旨杀害。
宫廷内斗
自脱脱被逐杀以后，顺帝彻底堕落，他受哈麻蛊惑，声色犬马，沉溺密宗，修炼所谓“男女双修之术”，还在宫中建清宁殿，绕殿一周建百花宫，每五日一移宫，朝政则交给皇太子爱猷识理达腊。至正十六年（1356年），哈麻企图让顺帝禅让于皇太子，被其妹夫秃鲁帖木儿捅给顺帝，顺帝大怒，说：“朕头未白，齿未落，遽谓我为老耶？”遂贬斥哈麻。此后又有朴不花、搠思监等搅乱朝政。史载“是时天下多故日已甚，外则军旅烦兴，疆宇日蹙；内则帑藏空虚，用度不给；而帝方溺于娱乐，不恤政务”。当时元朝已丧失半壁江山，就连都城也处于危机之中。至正十八年（1358年）十二月，蒙元陪都上都被破头潘、关先生所率的红巾军攻破，宫阙被焚，此后元顺帝停止了每年到上都避暑的传统。至正十八、十九年，由于农民起义导致漕运断绝，大都发生饥荒，饿死数十万人。这一状况直到张士诚降元运粮才有所好转。至正二十年（1360年）十二月，漠北阳翟王阿鲁辉帖木儿起兵作乱，直逼上都，并遣使告诉顺帝：“祖宗以天下付汝，汝何故失其太半？盍以国玺授我，我当自为之！”次年被镇压。
此时奇皇后与皇太子渐萌异心，企图让顺帝禅位。他们害死了反对内禅阴谋的左丞相贺惟一，又以宦官朴不花、丞相搠思监为倚靠，赶走直言进谏的陈祖仁、李国凤等大臣，逐渐控制了朝廷。外部则是元廷倚赖镇压红巾军的察罕帖木儿（后由扩廓帖木儿（即王保保）继承）与孛罗帖木儿两支军阀相互争抢地盘，中原大地民不聊生。
至正二十三年（1363年），受皇太子一党陷害的顺帝母舅老的沙出奔大同的孛罗帖木儿大营，皇太子一党追索不成，要求顺帝讨伐孛罗帖木儿，至正二十四年（1364年）四月和七月，孛罗帖木儿两度进攻大都，先迫使顺帝交出朴不花与搠思监，将其杀死，后又使顺帝拜他为右丞相，并赶走了皇太子爱猷识理达腊。皇太子逃到太原的扩廓帖木儿大营中，元朝一度呈现两个朝廷的局面。孛罗帖木儿当政之初，杀掉了秃鲁帖木儿等教顺帝淫乐的奸臣，赶走宫中的西番僧侣，裁汰宦官，减省钱粮，一度颇有作为，但后来秽乱后宫，酗酒杀人，而且在皇太子一方来攻时，吃了几个败仗，顺帝也对孛罗帖木儿极其不满，命威顺王子和尚伺机暗杀孛罗帖木儿。至正二十五年（1365年）七月二十九日，孛罗帖木儿入宫时被杀手徐士等人刺杀于延春阁李树之下。刺杀行动进行时，顺帝躲在密室内，约定事成则放鸽铃声。听到鸽铃声后，顺帝走出密室，下令民间杀尽孛罗帖木儿的部下（即所谓“川军”），同时命人将孛罗帖木儿的人头装进匣子里，送到太原的皇太子处。至正二十五年（1365年）九月，扩廓帖木儿护送皇太子还京，顺帝任命老臣伯撒里为右丞相，扩廓帖木儿为左丞相，宫廷内斗告一段落。
失国亡身
而后，顺帝又封扩廓帖木儿为河南王，南下肃清江淮，不料却引发了扩廓帖木儿与李思齐、张良弼等诸多军阀在河南、山西、陕西等地混战的局面。顺帝怀疑扩廓帖木儿有异志，命皇太子爱猷识理达腊总领天下兵马，开大抚军院，讨伐扩廓帖木儿。这场军阀混战一直持续到大都失守前夕，极大损耗了元朝的有生力量。顺帝虽昏庸，亦知国难当头，至正二十七年（1367年）秘密在高丽济州岛建造宫殿，以备将来逃难之用。在元朝内乱的期间内，朱元璋坐大于南方，将陈友谅、张士诚、方国珍等群雄次第削平，并在至正二十七年（1367年）十月发动“驱逐胡虏、恢复中华”的北伐战争。至正二十八年（1368年）正月，朱元璋自称皇帝，国号大明，建元洪武。明军高歌猛进，势不可挡，到至正二十八年（1368年）闰七月时，元顺帝才与扩廓帖木儿和解，但为时已晚。
至正二十八年（1368年）闰七月二十三日，明军抵达直沽，二十六日，知枢密院事卜颜帖木儿出大都迎战明军，被擒杀，太庙牌位也被收集好，在逃难时一起带走。二十七日，顺帝命淮王帖木儿不花监国，庆童为中书左丞相，自己则做好逃难的准备。二十八日，顺帝驾临大都清宁殿，召见众臣及三宫后妃与皇太子，正式宣布将逃往上都。知枢密院事哈剌章（脱脱之子）力谏不可，顺帝说：“也速已败，扩廓帖木儿远在太原，何援兵之可待也？”宦官赵伯颜不花跪地痛哭进谏说：“天下者，世祖之天下，陛下当以死守，奈何弃之！臣等愿率军民及诸怯薛歹出城拒战，愿陛下固守京城！”顺帝叹息说：“今日岂可复作徽、钦！”到了这天夜里，大都健德门开，顺帝与皇太子、后妃及一百多名大臣出奔上都。顺帝一路上如惊弓之鸟，连山峰塌方都以为是明军到来。八月十五日，顺帝一行终于抵达上都，此前大都已经在八月二日被明军攻占，监国淮王帖木儿不花等殉国。元朝在中原统治结束，北元开始。
顺帝在北逃时感慨道：“朕不出京师，安知外事如此！”到上都后又“昼夜焦劳，召见省臣或至夜分”“召见群臣，询恢复之计”，颇有重新振作的姿态。当时，哈剌章请求顺帝命扩廓帖木儿入援，得到顺帝同意。扩廓帖木儿不负顺帝希望，于至正二十八年（1368年）十月初，在韩店与明军打了一个漂亮的胜仗。顺帝被这一胜利冲昏头脑，封扩廓帖木儿为齐王，并命令他挥师收复大都，明军趁机偷袭，扩廓帖木儿大败，仅以十八骑逃走。此后顺帝再度消沉，身体每况愈下，至正二十九年（1369年）元旦朝贺时，他就托病不出，此后经常因病缀朝。当时元军连战连败，至正二十九年（1369年）六月十三日，顺帝又弃上都奔应昌，其间许多大臣进谏速奔和林，但由于阿鲁辉帖木儿事件的阴影，顺帝都没采纳。至正三十年（1370年），顺帝病重，由皇太子爱猷识理达腊总军国诸事。同年四月二十八日，顺帝因痢疾驾崩于应昌，享年五十一岁，太尉完者、院使观音奴奉梓宫北葬。死后庙号惠宗，明太祖朱元璋以其“知顺天命，退避而去”，给予了“顺帝”的尊号。蒙古汗号“乌哈笃汗”（Uqahatu，一作乌哈噶图汗，意为明智的）。