程晋芳小时依族谱取名志鈅，后改名廷鐄。因梦天开榜，榜上有晋芳名，故又改名晋芳。束发时读刘念台《人谱》，心慕之，因刘曾讲学于蕺山，而以蕺园为号。程晋芳是个纯粹的学者，而且很有风度，史称他秀眉方颐，有一掬漂亮的长胡须。人们形容他笑的神态，总爱用“掀髯而笑”一词。除了读书外，没有别的嗜好，就是纳了两个妾。因为老来纳妾，有人曾经写诗为这事拿他开玩笑，在他的婚礼上写了一幅贺联：在他纳妾时：“莺啭一声红袖近，长髯三尺老奴来。”
程晋芳的可贵之处在于，尽管家里很富有，但他一心放在读书和做学问上，他把大部分的资财都用在买书和接济读书人上。他买了5万多册图书，不是自己占有，而是供那些想读书的人来读，有很多贫穷的读书人到他这里来读书，有书看，还提供食宿，还能与他交流学问。 袁枚在他的墓志铭当中说他豪气真挚，发于天性，嗜书籍若饥渴，视朋友如性命。当时程氏盐商“多畜声色狗马”，而晋芳“独愔愔好儒，罄其赀购书五万卷，招致方闻缀学之士，与共讨论。海内之略识字、能握笔者，俱走下风，如龙鱼之趋大壑”(袁枚：《程君鱼门墓志铭》)。他“延接宾客，讌集无虚日”。
程晋芳好交友，“遇文学人，喋然意下，敬若严师。虽出已下者，亦必推毂延誉，使其满意。”程晋芳死后，当时京师人云：“自鱼门先生死，士无走处。”他的文友很多，其中值得称道的有袁枚、毕沅及《儒林外史》作者吴敬梓等。
1749年（乾隆14年），作《怀人诗》，中有怀吴敬梓一首。
1751年（乾隆16年），无锡华淞客淮安，程晋芳与华及边寿民、史震林、周振采、邱谨、程茂等会于晚甘园。
1752年（乾隆17年），至金陵应试，经吴敬梓介绍与江宁严长明相会，并与严长明同出太平门游栖霞。长明纪以诗，诗中讲到晋芳曾筹划重修《宋史》。此年，程晋芳还为程茂题《晚甘园风雨晦明图》。
1753年（乾隆18年），入京，作《马乳葡萄歌》，旋复南返。
1754年（乾隆19年），程崟谱钱谦益事为拂水剧上演，程晋芳观后作《纪事诗》。无锡诸洛过淮南还，程晋芳为题《类谷居图》。
1755年（乾隆20年），浙江王又曾旅淮安，程晋芳与他及程茂等会晚甘园。
1758年（乾隆23年），作《卖花唱》、《张乐谣》、《田家赛神》、《空仓雀》等乐府二十章。
1761年（乾隆26年），程晋芳至金陵，识布衣诗人陈古渔。
1762年（乾隆27年）3月，乾隆南巡过淮，程晋芳献赋，召试行在，程作《江汉朝宗赋》四章。皇帝大悦，拔置第一，赐举人，授中书舍人，协办侍读事，后充方略馆纂修。此年程45岁，始悉弃在淮之产，偿清宿逋，举家北迁京师。
1762年（乾隆28年），与阮葵生等在北京集会，以京中一种民俗为题，作《斗鹌鹑联句》。
1763年（乾隆29年），为蒋士铨题《归舟安稳图》，送士铨南还。
1765年（乾隆31年），程晋芳以《鼠啮诗》为题，作长歌赠王宸。
1767年（乾隆33年）5月10日，作《淮阴芦屋记》，记边寿民往事。又作《文木先生传》记吴敬梓事。
1768年（乾隆34年），为兴化任大椿题《雪屋笺经图》。
1769年（乾隆35年），游苏州，会吴泰来、王文治等，作《钓弋行灯歌》。无锡华淞自淮返里，程晋芳来会。后又经皖北行，在扬州与沈大成、金兆燕、侍朝等会，作《竹西访桂歌》。
1770年（乾隆36年），中二甲第24名进士，官吏部验封司，后兼文选司主事。
1771年（乾隆37年），程晋芳自定《桂宦藏书目》。
1772年（乾隆38年），《四库全书》馆开，经诸大臣荐举，与任大椿等人先后入馆，分任编校工作。四库初稿完成后，经馆阁诸臣校覆，凡有讹错者皆受到薄谴，独程晋芳所辑毫发无疵。书成，乾隆皇帝特改授程晋芳为翰林院编修。由部曹改官翰林，事不多见，足见程晋芳才识渊博。
1773年（乾隆41年），与人同纂《春秋左传翼疏》32卷。
1774年（乾隆42年），江宁严长明客淮安，程晋芳为序《归求草堂诗集》。
1775年（乾隆44年），程晋芳因贫鬻所藏石涛《竹西歌吹图卷》。
晚年与朱筠、戴震游，乃究心训诘。著述甚丰，有《蕺园诗》30卷、《勉和斋文》10卷、《群书题跋》6卷、《礼记集释》、《诸经答门》12卷、《春秋左传翼疏》32卷、《诗毛郑异同考》10卷、《尚书古文解略》6卷、《尚书今文释义》40卷，《周易知旨编》30余卷。