身为道家思想传承者的傅山，无论在学术和学术思想上，傅山的学问文章，都追踪当时的进步思潮，尤其是前半生明朝末亡之时，他的思想带有强烈的进步倾向，不重视当时学者重理学的倾向。他赞扬具有革命新精神，被明朝统治者视作洪水猛兽的李贽学术思想和刘辰翁、杨慎、钟星等节高和寡之士的文风。对明末的政治腐败，官场龌龊，是有清醒的认识。清军入关明王朝灭亡后，傅山一反清初一般学者以经学为中心的研究范围，而是独辟研究子学的途径，冲破宋明以来重理的羁绊，开拓了新的学术研究领域，成为清之后研治诸子的开山鼻祖。至于傅山的诗赋，则是继承了屈原、杜甫以来的爱国主义传统，他主张诗文应该“生于气节”，以是否有利于国家和民族为衡量标准。傅山一生著述颇丰，可惜所著宏论，大都散失，只存书名和篇名，留存于世的仅《霜红龛集》和《两汉人名韵》两部。
在诗、文、书、画诸方面，傅山皆善学妙用，造诣颇深。其知识领域之广、成就之大，在清初诸儒中，无出其右者。傅山的书法被时人尊为“清初第一写家”。他书出颜真卿，并总结出“宁拙毋巧，宁丑毋媚，宁支离毋轻滑，于直率毋安排”的经验。他的画也达到了很高的艺术境界，所画山水、梅、兰、竹等，均精妙，被列人逸品之列。《画征录》就说：“傅青主画山水，皴擦不多，丘壑磊珂，以骨胜，墨竹也有气。”他的字画均渗透自己品格孤高和崇高的气节，流溢着爱国主义的气息，在中国古典书画艺术中，博得后人的高度赞赏。
傅山不仅是书法家、画家，而且是晚明清初遗民的代表，北方学术思想的领袖，著名学者，甚至被传为“武林高手”。其人其事早已成为山西一带的神话传说。当时道教佛教均尊引为本家。
傅山在思想上有“学海”之称，仅就自学研究著作而言， 山西省博物馆现藏著作目录有：《老子注》、《庄子注》、《管子注》、《荀子注》、《列子注》、《鬼谷子注》、《公孙龙子注》、《淮南子注》等。
傅山在医学上，也有着巨大的成就。他内科、妇科、儿科、外科，科科均有很高的技术，而尤以妇科为最。其医著《傅氏女科》、《青囊秘诀》，至今流传于世，造福于人。傅山极重医德，对待病人不讲贫富，一视同仁，在相同情况下，则优先贫人。对于那些前来求医的阔佬或名声不好的官吏，则婉词谢绝。对此他解释为：““好人害好病，自有好医与好药，高爽者不能治；胡人害胡病，自有胡医与胡药，正经者不能治。”
傅山作为封建社会中的知识分子，一生中处处表现了坚韧不拔的战斗精神。他那种“富贵不能淫，贫贱不能移，威武不能屈”的品格和气节，毫不愧对“志士仁人”的评价。
康熙二十三年（1684年）初，傅山的爱子傅眉忽逝，年愈古稀进入风烛残年的傅山悲痛异常，再也经受不得如此打击，不久则撒手人寰，与世长辞，时年77岁。
明末清初的思想家傅山历来有 “学海” 的称誉， 他工书善画， 博极群籍， 在经史子集、 文学诗词、 佛经道藏、 书法绘画、 钟鼎文字、 医学医术诸领域都有精深研究 ， 所提倡的 “经子不分” ， “经子平等” 思想更是开一代风气之先， 其研究、 批点诸子著作之多、 内容之广泛，在中国古代学术史上是少见的。 而诸子当中， 最倾尽其心力、 最能体现其思想风貌的则首推 《庄子》 一书 。
傲骨凛然的傅山一生特立独行， 对于经典、 名士、权贵时有贬损、 讽刺之语， 独独对于庄生、 《庄子》 大加褒扬， 奉为至论， 嗜庄、 好庄、 迷庄之情溢于言表。其留存的诗文、 杂记、 批语中屡屡言及庄子。褒赞庄子、 自认承续庄学的词文在傅山遗著中随处可见， 其研究庄子的主要作品有《庄子翼批注》 、 《老庄二书》 、 《逍遥游》 、 《应帝王》 、 《读南华经》 、 《庄子天下篇》 、 《庄子理字》 、 《庄子情字》 、 《荀卿评庄子》 等， 此外还有大量散布在其他诗文、 杂文中言及庄子的文句 。
傅山一生遍注诸子，在 《庄子》 一书上着力最深，《庄子》 的思想既是其精神的引领， 又是心灵安顿之所归， 其批注的方式与言述更彰显着个人活泼泼的生命气质。诠解 《庄子》 时对天地间 “情” 的推崇、 以 “游” 的姿态应对人间 “是非” 、 主张 “变” 、 “异” 的政治倾向， 正是最能体现其个人特质与思想风貌的三个方面， 通过对其庄学思想的探析， 我们也能从中窥见其性情与学术之梗概 。
对于庄子的著作，在颠沛流离的旅途中，仍然“时时在目”，在冰雪覆盖北国的严冬里，依然用工整的小楷书写《南华经》多篇。对于老子的著作，三日不读便觉得“舌本软”，难以启齿说话，五十岁过后还在“细注”，进行认真的研究。这些生动的记载说明，他对老庄之学是很推崇与重视的。他在一篇疏文中曾说：“侨黄老子，何笑正笑，漆园自云，其于宗也。”在这里他以“侨黄老子”、“漆园”自况自称，以承绪老庄之学的大弟子自许。
综观傅山一生行事作风与思想主张，可见他本质上是一个道家人物的性情：为人为学本于真性真情、自由自在，反对权威主义教条主义，因此，他极其憎恶“奴儒”为人为学的“奴性”：“若奴人，不曾究得人心空灵法界，单单靠定前人一半句注脚，说我是有本之学，正是咬齫人脚后跟底货，大是死狗扶不上墙也。”并由此而极力批判当时所谓上流社会是非颠倒的假仁假义。他自己也在很多场合与作品中反复强调、自陈：“老夫学老庄者也”、“我本徒蒙庄”、“吾师庄先生”、“吾漆园家学”、“愚父子学庄列”，还饱含深情地说：“三日不读《老子》，不觉舌本软。畴昔但习其语，五十以后，细注《老子》，而觉前辈精于此学者，徒费多少舌头，舌头总是软底。何故？正坐猜度，玄牝不着耳。”“吾庄翁所谓绪余可以为尧舜者也。”
老庄哲学丰富，据史书记载，他们为人自尊，对人间功名利禄很淡漠，一生不得势也不愿得势，一生不得志也不愿得志，以穷尽人伦物理为天职。生活的道路对于傅山来说，与老庄十分相似，思想境界亦相通。这些都给傅山很深的影响，因此自然成为他进行研究的主要对象，使他成为明清之际著名的道家代表人物之一。