科场失志，随父授徒
陈邦彦自小聪明勤学，1621年（天启元年），考取秀才，之后屡次参加乡试均落榜，于是随父在大良设馆授徒，人称岩野先生。他精研《周易》、《毛诗》和经世致用之学，在治学授徒之余，密切关注国家大事，对府、县的大事，均能提出适当的建议。地方政府官员遇有政事难事，常常征询他的意见。邦彦满腹经纶，却在科场上并不得志，多次应考均未能中举。人们深为之不平，而他却不以为意。
二次献策，均被拒绝
1644年（崇祯十七年），清兵入关，定鼎中原。福王朱由崧在南京建立弘光小朝廷。国难当头，陈邦彦五内俱焚，疾呼：“此时不思报国者，非丈夫也！”随即结束讲学，针对时局，精心撰写了数万言的《中兴政要》，具体开列了32条抗敌救国方略，踌躇满志地只身赴南京进呈弘光帝，但未被接纳。
1645年（弘光元年），南京政权被清军攻灭，南明唐王在福州建立南明隆武朝，并于翌年委任陈邦彦为兵部职方司，统领广西狼兵万余人前往江西南安协同大学士苏观生抗击清兵。他受命后曾多次提出进击清军的良策，但因均被苏拒绝而坐失战机。而在隆武帝被清军俘获后，陈被迫率部随同苏观生撤回广东。陈邦彦在时局危急之际，一再呼吁南明的两个分立的政权（设在广州的绍武政权与设在肇庆的永历政权）化干戈为玉帛携手对抗清兵。但因遭苏观生等的干扰，南明分设的两个朝廷互为争斗以致相残愈烈，因而被清兵乘隙攻击，绍武政权与永历政权相继覆灭。 1645年（弘光元年）秋初，邦彦告别家人北上时，写下了意气豪迈、笔墨酣畅飞动的赋别之作《舟发珠江承诸子携酒饯送次韵赋别》：扬尘伐鼓发江干，变徵声高七月寒。夜渡可能知大漠？日边何处是长安！杯因惜别兼贤圣，策为忧时杂管韩。燕石自惭仍跃冶，归来休笑旧儒冠。
归附聿键，抗击清兵
1645年（弘光元年），弘光朝覆亡后，朱元璋的九世孙唐王朱聿键被一批文臣武将拥戴在福州称帝，建立隆武朝，并访求贤能，组织抗战。读了陈邦彦的《中兴政要》之后，隆武帝备加赞赏，称陈邦彦为“奇才”，并下旨请陈邦彦速速赴闽，共商国是。因一身不能事二主的缘故，陈邦彦当时并没有马上到福州去。只是到了第二年的五月，南明政权被清兵摧毁之后。他才下了归附聿键的决心，并且参加了六月举行的隆武朝唯一的一次乡试，得中第七名举人。发榜前三天，他被聿键任命为监纪推官。
1646年（隆武二年），陈邦彦升兵部职方司主事，监粤兵入江西，协助苏观生防守北线。清兵压境，猛攻赣州，苏观生按兵不动，逡巡观望，陈邦彦虽一再请战而未获批准。赣州失守后，清军大举入闽，攻下福州。隆武朝的武将郑芝龙公开投敌，隆武帝被俘遇害，隆武朝也步了弘光朝的后尘。此时，苏观生急于回广州拥立新主，置邦彦的凭借五岭和韩江天险，抵挡北、东两面来敌，以保住广东，建立巩固的根据地的建议于不顾，下令全军撤防。邦彦要苏观生火速率主力取道惠州和潮州，救援尚在苦撑的泉（州）、漳（州）前线守军，并请求自领一军扼守南安，抵抗北路清军的请求也未被采纳，只好一同南撤。
重组部队，妙计救主
1646年（隆武二年），陈邦彦化名潜入高明县山区重组反清武装，并会同义军余龙部进击广州、顺德两地。清将李成栋攻陷肇庆，深入广西腹地追赶永历君臣。不久，佟养甲、李成栋部清军偷袭广州，绍武政权覆亡。在广东肇庆的永历帝闻风而逃到了广西。李成栋军乘胜追入广西，永历朝廷岌岌可危。
陈邦彦救主心切，跑到顺德请余龙帮忙。余龙等人本是当年明将万元吉在广东招募的援赣部队，赣州失陷之后，生活无着，便在甘竹滩落草为寇，原队人马加上归附的溃兵也有二万多人。经说服，他们同意协助陈邦彦攻打广州。另一方面，陈邦彦又联络上了东莞的抗清义士张家玉，张也同意助他一臂之力。
眼看着大兵压境，佟养甲忽生妙计，他下令关闭城门，不准出战， 一边派出快马到广西急召李成栋回师。一边四出散播谣言说，李成栋的大军已经在回穗途中了，很快就要杀到甘竹滩去了。余龙是个大老粗，不知就里，急着要保卫他的老巢，也不知会陈邦彦，顾自撤围先走；剩下陈邦彦孤掌难鸣，也只好黯然收队。后来知道，李成栋接到广州的告急文书后，确实是很快就放弃了对桂林的包围，转而回援广州。永历君臣这回能脱离虎口，得归功于陈邦彦围魏救赵法的妙用。
之后，陈邦彦派门生马应房与之合兵收复顺德。接着他又相继串连东莞张家玉，南海陈子壮，顺德胡靖、梁斌，新兴梁信灼，新会黄公辅、何世熊，恩平王兴，阳江莫廷兰，东安（今云浮）何仕璋举义，合力牵制清军。李成栋被迫放弃追击永历帝，回师东下。邦彦得报，派马应房等率水军到顺德黄连乡北拦江截击，奈何寡不敌众，败于敌手。邦彦又趁李成栋进攻张家玉部之机，会同高明麦而炫、欧怀昊一举攻下江门。
妻儿被杀，战事失利
1647年（永历元年）初，视邦彦为心腹大患的巡抚佟养甲，用卑劣手段突袭顺德，抓走了在龙山避难的陈邦彦的两个儿子和尹、虞尹和一个姓何的妾，把他们作为人质，招降陈邦彦。邦彦在招降书上凛然批复：“妾辱之，子杀之，皆唯命。身为忠臣，义不顾妻子也。”这一妾二子，后来都被清军杀害。
1647年（永历元年）七月，陈邦彦在广州物色到被迫降清的杨可观、杨景烨、黄天锡等三位前明军官，让他们在城中做内应；又布置三千“花山盗”向清军诈降，混迹于清军之中，伺机起事。他和前明礼部尚书陈子壮（南海人）则计划好兵分两路，同时进攻广州。陈子壮兵出九江，负责攻打西南方，陈邦彦统率水军，集中突击西北。三方面约定七月七日为举事之日。然而由于某些尚不清楚的原因，事情的进展不能如意。陈子壮的部队提早了两天到达广州，驻扎在五羊驿。他的一名家僮被清军俘虏，供出实情（一说有叛僧告密），结果城内三千“花山盗”和杨可观等三人均被清军查获处死。
形势对二陈十分不利。这时李成栋在东莞击败张家玉，回城途中，船队驶到禺珠洲，与陈邦彦水军碰个正着，双方于是展开了一场血战。陈军借着风势发动火攻，李成栋抵敌不住，往后败走，陈军在后紧追不舍。当时，陈子壮的部队正埋伏在白鹅潭附近，准备随时接应陈邦彦。邦彦军船上插朱饰青旗，他们原来是知道的，但由于时值黄昏，暮色苍茫，士兵们竟然不能分辨旗色，望见前面黑压压一片战船，乘风破浪而来，以为大队清兵杀到，心下不免着慌，及至看清楚在敌人的背后还有自己人时，大乱阵脚，终大败亏输。
之后，陈邦彦纠合败卒转攻三水，又转攻高明，继而与清兵接仗于新会和香山，后来得到故明清远指挥白常灿接应，遁人清远，在江口设木栅顽抗。清兵追到，再次施以火攻，陈军连战失利，部将霍师连连阵亡，不得已而退入城中固守。
清兵围城，宁死不屈
清军包围清远城，猛攻十日不下。战斗从早晨打到下午，陈邦彦身上多处受伤，次子馨尹死难，他本人亦肩中三刀，鲜血淋漓。心知大势已去，便退走到朱氏园，在园壁上题了三首诗，其中一首六言诗写道：
“平生报国怀深，日望西方好音。已共苌弘化碧，还同屈子俱沉”。
另一首云：
“无拳无勇，无饷无兵。联络山海，矢助中兴。天命不佑，祸患是婴。千秋而下，鉴此孤贞！”
写毕，一头扎进池水中以图一死报国，谁料却被追兵拉起，他仰天大笑：“我就是陈兵科陈邦彦！”陈邦彦被押到广州后，佟养甲派医生为他治伤，送上佳肴想劝降，可是邦彦拒绝了，他以文天祥为榜样，写了《狱中步文丞相韵》诗，谓“泉路若逢文相国，不知双眼可谁青？”在狱中绝食五日。1647年（永历元年）9月28日，佟养甲眼见劝降无望，于是下令将邦彦押往四牌楼（故址在今解放南路）杀害。
临刑时，邦彦慷慨写下《狱中五日不食临命歌》：“天造兮多艰，臣之江也浒。书生漫谈兵，时哉不我与。我后兮何之？我躬兮独苦。崖山多忠魂，先后照千古！”歌罢，从容就义。死后，永历帝赠邦彦兵部尚书，谥忠愍，廕子锦衣指挥（见《明史》）。后人慕其忠烈，将他与陈子壮、张家玉尊称为“岭南三忠”，并以他为首。